Allerede for flere tusind år siden var Marshall Øerne beboet af indvandrere fra Mikronesien, og siden blev øerne opdaget af spanieren Alonsode Salazarsom i 1526. Tre år senere nåede en anden spansk søfarer, Alvaro de Saaveda, frem til øerne, men ingen af dem valgte at gøre krav på øerne.
Det skete først, da den engelske kaptajn John Marshall besøgte øerne i 1788, og det er også ham, der siden har lagt navn til øerne. Siden har øerne været under britisk, russisk, tysk og amerikansk herredømme, og under 2. verdenskrig var de centrum for mange kamphandlinger mellem Japan og USA. Da krigen var overstået, blev øerne et amerikansk protektorat i 1947.